La Oficina de Auditoría Interna es la encargada de formular el plan anual de control, programar, dirigir y ejecutar las acciones de control dentro del ámbito de su competencia funcional en coordinación con el Rector y de conformidad con las normas del Sistema Nacional de Control.

La Oficina de Auditoría Interna depende jerárquica y administrativamente del Rector y en los aspectos técnicos y normativos de la Contraloría General.

La Oficina de Auditoría Interna está dirigida por el Ing. Luis Ratto Hubner.