El Órgano de Control Institucional - OCI, es la oficina encargada de formular el plan anual de control, programar, dirigir y ejecutar las acciones de control dentro del ámbito de su competencia funcional, en coordinación con el Rector y de conformidad con las normas del Sistema Nacional de Control.

Depende jerárquica y administrativamente del Rector y en los aspectos técnicos y normativos de la Contraloría General. Comprende las áreas de Control Económico-Financiero y Control Técnico.

El Director de la OCI es el CPCC. Luis Duran Villalobos.